朝鮮半島問題研究。多年來，通過在一些知名學術期刊上發表大量學術性論文，其研究水平得到同行的高度認可；同時研究團隊撰寫的研究報告，部分獲得了中央有關領導批示和新華社內參報道。朝鮮半島研究中心在國內外已經確立了重要地位，海內外重要媒體經常就各種突發事件對中心負責人進行采訪。
海洋沖突與合作研究。重點是大國的海洋戰略、東海、南海領土爭端、海界爭議的合作模式。目前已經形成4-5人的研究梯隊，擁有國家、地方和部門多項課題，在政策咨詢方面發揮著越來越大的作用。
東南亞沖突與合作研究。重點是東南亞領土、邊界、恐怖主義及伊斯蘭極端勢力等非傳統威脅及合作問題研究。東南亞室是上海市唯一專門從事東南亞研究的分支機構，其中,APEC中心曾為2001年上海APEC領導人峰會作出了貢獻。作為國內主要的中心之一，也是上海唯一的同類機構，已經同國際APEC聯席會議和APEC秘書處建立了固定關系。
大國關系和國際體系研究。重點研究國際關系理論、國際機制和國家主權等問題，及中美在東亞地區的利益與競爭；兩岸關系中的美國因素、中日關系、美日同盟作用等。主要突破性成果有專著：《國際體系：歷史的演進與理論》、《國家主權新論》、《機制化生存》、《民族主義、國家結構與國際化》、《歐洲聯盟集體身份的建構》》。這些成果對于中國國際關系理論具有探索、開拓和構建的作用。
地區跨國界問題治理研究。研究內容包括：地區內的移民和難民、環境、能源、流行病與氣候問題合作等。其中，我所與國務院僑辦、上海市僑聯、統戰部有委托課題合作，有關專著（《國家關系中的華僑華人和華族》）和論文曾獲得上海社會科學一等、二等獎。
