然而,由于存在一些制約性因素和問題影響自由貿易區的今后發展。如東盟安全上依賴美國,經濟上利用中國致使自由貿易區處于低水平運行;東盟內部制約性因素較多;中國東盟貿易結構相似性導致互補性減少、競爭性趨強;主導權問題;域外大國因素等五個方面均制約著今后中國東盟自由貿易區能否順利實施。
最后,蔡鵬鴻研究員對中國東盟自貿區未來發展進行了評析。他認為,中國今后要加強調研、及時反映問題,及時解決問題,總結經驗基礎上完善中國自貿區結構。為此要采取措施加強互信,容許東盟國家保留其慣性思維,設法通過實際行動來消除不信任感;充分利用各自經濟體內的競爭優勢,相互間創造互補潛力等。